Ayetullah Ali Hamaney, 17 Temmuz 1939 tarihinde İran, Meşhed’de ailesinin ikinci erkek çocuğu olarak doğdu. Baba (Ayetullah Seyyid Cevat Hüseyni Hamaney) tarafı Azerbaycan Türkü ve anne (Seyyid Haşim Necefabadi'nin kızı) tarafı Yezdli'dir. 4 yaşındayken büyük kardeşi Seyyid Muhammed ile birlikte mektebe (dini eğitim veren ana okul) gönderildi. Burada alfabe öğrenip Kuran’ı kerim kurslarına katıldı. İki kardeş daha sonra yeni kurulan İslami “diyanet dar ut Talimi” okulunda ilköğrenimine devam ettiler.
Ali Hamaney, lisede Cami-el-Mukaddemat, Sarf ve Nahv’havza’ya girdi. Babası ve diğer eğitimcilerden edebiyat ve Mukaddemat dersleri aldı. “Resail” ve “Mekasıb”ı de “Hac Şeyh Haşim Kazvini” nezdinde okudu. “Satıh’ı Fıkıh” ve “Usulü-Fıkıh” derslerini de babasından öğrendi. Böylece Mukaddemat ve Satıh eğitim dönemini 5.5 yılda bitirmiş oldu.
6 sarayı bulunan Ali Hamaney'in saraylarının ikisinde nükleer saldırıdan korunmak için sığınakları vardır. 1963 yılında Ayetullah Ruhullah Humeyni önderliğindeki İslami Hareket'e katıldı. 1977 yılında İran Şahı Muhammed Rıza Pehlevi tarafından sürgüne gönderilmek istense de İslami Hareket'in büyümesi üzerine sürgüne gönderilmedi ve Meşhed şehrine geri döndü. İran İslam Devrimi'nin gerçekleşmesi ve Ayetullah Humeyni'nin sürgünden dönmesi üzerine İslam İnkılabı Yüksek Şurası üyeliğine atandı. Bu görev üzerine Meşhed'den Tahran'a geldi.
1979 yılında İran Savunma Bakan Yardımcısı oldu. Aynı yıl Tahran vekili olarak İslami Şûra Meclisi'ne seçildi. 1980 yılında Humeyni tarafından İran Yüksek Savunma Şurası üyeliğine atandı. İran-Irak Savaşı'nda görev aldı. 27 Haziran 1981 tarihinde Ebuzer Camisi'ne yapılan bombalı saldırıda ağır yaralandı.
İran Cumhurbaşkanı Muhammed Ali Recai'nin bombalı saldırı sonucunda ölmesi üzerine Ekim 1981'de yapılan cumhurbaşkanlığı seçimlerinde 16 milyon oy alarak 3. İran Cumhurbaşkanı seçildi. 1985 yılında ikinci kez cumhurbaşkanlığına seçildi. Ayetullah Humeyni tarafından 1986 yılında kurulan Düzenin Yararını Teşhis Konseyi'nin Başkanlığı'na getirildi.
Ayetullah Ali Hamaney, 1964 yılında Khojaste Bagherzadeh ile evlendi. Mojtaba Khamenei (Oğlu), Hoda Khamenei (Kızı), Boshra Khamenei (Kızı), Masoud Khamenei (Oğlu), Meysam Khamenei (Oğlu), Mostafa Khamenei (Oğlu) adlarında 6 çocuğu vardır.
3 Haziran 1989 tarihinde Ayetullah Humeyni'nin vefat etmesi üzerine, 4 Haziran 1989 tarihinde Haşimi Rafsancani'nin tavsiyesi ile Uzmanlar Meclisi tarafından dini lider seçildi.
